В МБОУ «Лицей №86» существуют коллегиальные органы управления, к которым относятся:
- Общее собрание работников;
- Совет Учреждения;
- Педагогический совет;
- Общешкольное родительское собрание;
- Совет учащихся.
Общее собрание работников — высший коллегиальный орган управления МБОУ «Лицей №86». Участниками Общего собрания работников являются все лица, находящиеся на оплачиваемой работе в МБОУ «Лицей №86», на основании заключенных с данными лицами трудовыми договорами.
Совет Учреждения — коллегиальный орган управления, обеспечивающий демократический, государственно-общественный характер управления МБОУ «Лицей №86». Совет Учреждения осуществляет свои функции и права от имени всего трудового коллектива, коллектива учащихся и их родителей.
Педагогический совет — руководящий орган в МБОУ «Лицей №86» для рассмотрения основополагающих вопросов образовательного процесса.
Общешкольное родительское собрание — коллегиальный орган управления, целью которого является содействие осуществлению управленческих начал, развитию инициативы родителей, способствующих организации образовательного процесса и финансово-хозяйственной деятельности, расширению коллегиальных, демократических форм управления в МБОУ «Лицей №86».
Совет учащихся — орган ученического самоуправления МБОУ «Лицей №86», целью которого является формирование гражданской культуры, активной гражданской позиции учащихся, содействие развитию их самостоятельности, способности к самоорганизации и саморазвитию, формированию у учащихся умений и навыков самоуправления, подготовка их к компетентному и ответственному участию в жизни общества.