15 августа 1978 года была открыта средняя школа № 86.
По инициативе Алтайского Государственного Университета, а также администрации школы № 86, решением Коллегии ГУНО Алтайского края 30 мая 1990 года на базе средней школы № 86 был создан ЛИЦЕЙ.
Лицей № 86 создан и развивается как звено системы образования, реализующее принципы непрерывности развития, профильной дифференциации и преемственности в образовании.
В 2006-2007 учебном году наш Лицей стал победителем в приоритетном национальном проекте «Образование».